El primer club de Cristian Palacios en Montevideo fue Peñarol, con el cual debutó el 12 de septiembre de 2009 frente a Racing Club de Montevideo por la tercera fecha del Torneo Apertura 2009, convirtiendo su primer gol en Primera División en la décima fecha del Torneo Apertura 2010 frente a Liverpool. En el 2011 fue cedido a Central Español hasta junio del mismo año. En su primer partido oficial con la camiseta de Central Español (segunda fecha del Torneo Clausura 2011), convirtió tres goles contra Cerro en el Estadio Luis Tróccoli, y se consagró goleador del torneo con 14 tantos. Volvió a Peñarol para la temporada 2011-12 pero jugó solamente tres partidos. De esa manera fue cedido en enero de 2012 al Atlético Tucumán de Argentina a préstamo por un año. Luego en El Tanque Sisley, Olmedo de Ecuador y Juventud. Regresó a Peñarol a mitad del 2015, donde ganó el Campeonato Uruguayo 2015-16, además en esta temporada convirtió 5 goles, entre ellos anotó el gol en la última fecha del Apertura 2015 para lograr el título frente a Juventud de Las Piedras. En el 2017 vuelve a Peñarol para jugar el Clausura, donde obtuvo el Campeonato Uruguayo 2017 y anotó 10 goles. En 2018 ficha por Puebla y es enviado a préstamo en 2019 a Sporting Cristal y posteriormente a Unión Española en 2020. A inicios de 2021 rescindió su contrato con Puebla para que finalmente sea comprado por Unión Española por dos temporadas. Actualmente en la Universidad de Chile, con 32 años cumplidos.
