Fue fundado el 8 de mayo de 1908 y su equipo juega en la 1ª Divisional «A» de la Liga de Fútbol de Artigas. En la Liga de aquel departamento fue campeón en los años 1918, 1919, 1920, 1921, 1922, 1923, 1924, 1925, 1928, 1929, 1931, 1933, 1934, 1935, 1936, 1948, 1950, 1952, 1954, 1956, 1957, 1958, 1960, 1962, 1964, 1967, 1969, 1972, 1973, 1984, 1985, 1986, 1989, 1993, 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2005, 2007, 2009, 2011, 2017, 2018. Sucede que San Eugenio por una vez fue Campeón del Interior de Clubes: en 1970. A su vez fue vice campeón en 1985 y 1987. En la nota gráfica de los archivos de EL PUEBLO, este San Eugenio de 1970, jugando un partido amistoso en el estadio Centenario. Un equipo de sensación. No por nada supo de ese reinado. En 2024, San Eugenio volverá a jugar en Salto. enfrentando a Ceibal y Barrio Albisu por la Divisional B.
